馬偕紀念醫院新竹分院成立之初，行政院衛生署依其營運與在竹、苗地區所扮演的角色定位，核准設置一般急性病床為646床。新竹分院一期大樓於91年11月完工使用，病床規模為254床。增建之二期大樓，規劃設計容納剩餘之392床位數。二期大樓的完成一方面可達到衛生署核准之床位數，另一方面在符合醫院實際運作之效能。第二期工程以醫學中心為方向，強調醫學研究，提高醫療可近性及 醫療品質，期使新竹地區居民得享有完整之醫療服務體系。本案共計地下五層及地上十三層，地下層包括放射腫瘤科及核子醫學科，地 上一層至十二層包括急診、門診、手術室、美容中心、加護病房、普通病房等，地上十三層則為會議廳及圖書館。