馬祖高中因原有空間不足及部分校舍老舊安全問題，於2003年重新規劃及改建。校園應順應地形，與週遭環境配合，取得最佳臨海視景，塑造一處彼此串聯的戶外、半戶外開放空間系統。

原有的海砂屋校舍全部拆除，並保留三棟建築物包含圖書館、行政大樓及學生宿舍，此三棟建物分別位於新校園空間架構的節點：圖書館位於新校門側，功能不變；行政大樓轉置為專科教室，並保留其西側街角廣場作為社區出入口，穿越專科大樓的原大門入口坡道與新設下層廣場連接；校區中心的現有學生宿舍，改為學生活動中心，錨定行政大樓南側的面海廣場。

開放空間由北而南漸趨開放，宿舍區與教學區的活動則自東、西兩側匯聚於中央的臨海廣場。臨海廣場有花架、座椅及觀景露台，可遠眺介壽村、飛機起降及蔚藍的海洋，景色絕佳。