本院區位於台南高鐵特定區內，面積7.3公頃，以「學研生態村」概念規劃設計。研究領域涵蓋農業生技、循環永續、台灣文史等。
空間特色基地退縮形成綠色空間，中央池區為核心。採用低衝擊開發及海綿城市概念，雨水循環利用。提供尺度多樣的人本交誼空間，促進交流合作。
院區第一棟「農業生物科技」研究大樓的主量體沿正面道路歸仁十三路退縮配置。西側主入口及挑高棚架界定了入口廣場，並形塑院區入口意象，模矩化實驗簇群，共用儀器室集中配置。開放溫室模擬植物生長環境，充分日照。側院及戶外展示區，立面暗藏DNA密碼。
景觀以永續生態與人本環境為核心設計理念，打造開放且友善的學術研究基地。入口廣場透過幾何鋪面設計與綠意植栽的搭配，營造出富有層次感的迎賓空間。鋪面選用高耐久性材料，確保行走舒適度並符合無障礙通行需求。公共座椅與街道家具則依據人流動線配置，兼顧美觀與實用性。整體空間強調開放與流動性，使訪客能自然融入園區環境，提升整體使用體驗。
